Центр теоретических проблем

физико-химической фармакологии

Российской академии наук

ru

Новости и события:

Dec. 28, 2021

Основные научные результаты по проекту IN SILICO ИССЛЕДОВАНИЯ ТЕРАПИИ ОСТРОГО ИШЕМИЧЕСКОГО ИНСУЛЬТА (Этап I, соглашение № 075-15-2021-950 от 28 сентября 2021 г.)

Соглашение о предоставлении из федерального бюджета грантов в форме субсидий в соответствии с пунктом 4 статьи 78.1 Бюджетного кодекса Российской Федерации № 075-15-2021-950 от 28 сентября 2021г

Сроки выполнения проекта: 2021-2023

Получателем гранта:
В ходе выполнения работ I этапа проекта (2021 год) получены следующие результаты
1) Проведены патентные исследования по теме проекта;
2) Проведен аналитический обзор современной научно-технической, нормативной, методической литературы по тематике исследования;
3) Разработана in silico модель тромбоза, вызываемого фибриновым тромбом;
4) Разработана in silico модель тромболизиса фибринового тромба;
5) Разработана in silico модель тромболизиса тромба, состоящего из тромбоцитов;
6) Разработана in silico модель тромболизиса тромба, состоящего из фибрина и эритроцитов;
7) Разработана in silico модель тромболизиса тромба, состоящего из тромбоцитов и внеклеточной ДНК;
8) Разработана in silico модель тромболизиса, учитывающую архитектуру тромба, состоящего из регионов, богатых фибрином, тромбоцитами, эритроцитами и внеклеточной ДНК;
9) In silico модель тромболизиса, учитывающая архитектуру тромба, состоящего из регионов, богатых фибрином, тромбоцитами, эритроцитами и внеклеточной ДНК, валидирована на литературных данных. Составлен перечень соответствия результатов моделирования литературным данным, соответствие оценено по качественным критериям. Соответствие модельного описания процесса лизиса и литературных данных об этом процессе можно охарактеризовать как очень хорошее;
10) In silico модель тромболизиса, учитывающая архитектуру тромба, состоящего из регионов, богатых фибрином, тромбоцитами, эритроцитами и внеклеточной ДНК, валидирована на экспериментальных данных. Составлен перечень соответствия результатов моделирования экспериментальным данным, соответствие оценено по качественным критериям. Соответствие модельного описания процесса лизиса и литературных данных об этом процессе можно охарактеризовать как очень хорошее.

Иностранным партнером :

Университет Амстердама, Нидерланды
В ходе выполнения работ I этапа проекта был проведен анализ данных по пациентам с ишемическим инсультом, выявление основных критериев для включения в базу виртуальных пациентов.
Критерии включения пациентов в исследования тромболитических лекарств следующие: 1) Возраст старше 18 лет; 2) балл по модифицированной шкале Ранкина <2 до инсульта (отсутствие значимых нарушений жизнедеятельности, несмотря на имеющиеся симптомы; может выполнять все обычные задачи и сохранять активность); 3) 4-26 баллов по шкале инсульта национального института здоровья на момент попадания в исследование; 4) отсутствие формальных противопоказаний к проведению внутривенной терапии; и 5) адекватный объем гипоперфузируемых, но пригодных для спасения областей головного мозга, рассчитанный с помощью визуализации перфузии (несоответствие между нарушением перфузии и ядром ишемии больше, чем 1,2, абсолютная разница в объеме больше 10 мл и ишемическим ядром меньше 70 мл).
Также, в планы I этапа входила подготовка тромбов к фиксации и получение срезов. После проведения тромбэктомии сгустки фиксировались в формалине и затем помещались в парафин. Парафиновый блок очищался до полноценной визуализации тромба и затем делился на последовательные секции. Таким образом, была получена база образов тромбов для дальнейшего исследования.
Затем производилась гистологическая покраска срезов тромбов и получение микрофотографий. Для этого была разработана специальная процедура покраски. Большинство исследований было сфокусировано на присутствии эритроцитов, фибрина, тромбоцитов и лейкоцитов. Количественное определение состава тромба предпочтительно основывалось на процедурах окрашивания, обладающих хорошей специфичностью к компонентам тромба (фибрину, эритроцитам, тромбоцитам, лейкоцитам). Изображения окрашенных предметных стекол были получены с использованием световой микроскопии. Для выявления различий в содержимом каждого тромба секции анализировались каждые 150-200 мкм в более чем 20 тромбах. Таким образом были получены данные о распределении компонентов внутри тромба.

Университет Женевы, Швейцария
Группа из Швейцарии разработала метод компьютерной реконструкции трехмерного тромба различного состава (фибрин, тромбоциты, эритроциты) из послойных фотографий окрашенных секций тромбов пациентов, с шагом в 5 микрометров. Процедура реконструкции выглядит следующим образом.
Задний план удаляется путем кластерной комбинации цветов пикселей (sklearn Kmeans) и открытием зоны изображения (беглый просмотр морфологии). Каждый пиксель относится к кластеру, определяющему регион тромбоцитов или эритроцитов. Изображения обрезаются до идентичной высоты и ширины. Последовательно обрезанные изображения наконец выстраиваются с использованием преобразования твердого тела (pystackreg). Реконструированные 3D сгустки затем анализируются для определения размеров распределения регионов, богатых тромбоцитами и эритроцитами, для получения более детальной информации об их пространственном распределении. В конечном счете, эти реконструированные тромбы будут «подключены» к симулятору для проведения in silico лизиса сгустков с реалистичным составом. В результате работ были получены трехмерные структуры различных тромбов.

Разработана серия математических моделей, описывающих образование тромба и различные этапы его лизиса. На основе этих моделей создана детальная модель тромболизиса in silico, учитывающая архитектуру тромба, состоящего из регионов, богатых фибрином, тромбоцитами, эритроцитами и внеклеточной ДНК. С помощью этой модели показано, что антифибринолитические свойства внеклеточной ДНК могут быть связаны с тем, что она выполняет структурную функцию, схожую с функцией фибриновой сети, и удерживает от распада как клеточные элементы тромба, так и фибрин или высокомолекулярные продукты его деградации. Использование этой модели может быть полезным как при исследовании механизмов регуляции естественного фибринолиза, так и при оценке эффективности существующих протоколов тромболитической терапии и разработке новых подходов. Поставленные в первый год исполнения проекта задачи выполнены полностью. Полученные результаты моделирования будут включены в методику проведения in silico клинических испытаний подходов для терапии ишемического инсульта на популяции виртуальных пациентов с острым ишемическим инсультом.
При моделировании и валидации моделей были использованы данные ex vivo экспериментов иностранных партнеров. Данные о визуализации состава тромбов пациентов также будут использованы при валидации различных моделей на всех этапах работ по проекту. Также эти данные будут включены в базу данных для создания in silico популяции виртуальных пациентов на 3 этапе.
Для внедрения в широкое использование методики проведения in silico клинических испытаний серия моделей будет расширена на 2 этапе работ: будут разработаны модели, описывающие работу каскада металлопротеиназ; модели по деформируемости разных тромбов; модели тромболизиса в условиях потока жидкости (ньютоновской и неньютоновской); расширена база гистологических срезов тромбов. На 3 этапе будет проведена разработка и оптимизация полномасштабной математической модели, позволяющей проводить клинические испытания in silico на виртуальных пациентах с острым ишемическим инсультом.

Dec. 1, 2021

Декабрь 2021

6 декабря 2021 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются следующие доклады:
15-00 Доклад Вероники Александровой: "Барьер-обусловленный механизм катастроф микротрубочек и анализ структуры их концов"
16-00 Доклад Кирилла Бутова: "РНК-кодируемые метки для лабораторных исследований"

13 декабря 2021 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются следующие доклады:
15-00 Доклад Алёны Коршуновой: "AlphaFold2: революция в структурной биологии, которую совершил ИИ"
16-00 Доклад Таисьи Шепелюк: "Кооперативная секреция плотных гранул в одиночных тромбоцитах"

Nov. 1, 2021

Ноябрь 2021

1 ноября 2021 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются следующие доклады:
15-00 Анна Болдова: "Механизмы внутриклеточной кальциевой сигнализации и антиген-индуцируемой регуляции генерации антител наивными B-клеткам"
16-00 Презентация проекта Юлией Коробкиной и Антониной Петленко: "Моделирование хемотаксиса нейтрофилов в проточной камере"

8 ноября 2021 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируется предзащита докторской диссертации Никиты Гудимчука: "Динамика микротрубочек и механизмы транспорта хромосом при делении клеток"

15 ноября 2021 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются следующие доклады:
15-00 Предзащита кандидатской диссертации Фёдора Балабина: "Механизмы формирования кальциевого ответа тромбоцита"

22 ноября 2021 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются следующие доклады:
15-00 Доклад Евгении Пономаренко: "Тест функциональной активности тромбоцитов при активации их АДФ"
16-00 Доклад Надежды Подоплеловой: "Анализ функции тромбоцитов в мазках крови (по Грейнахеру)"

29 ноября 2021 года в 11-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН, который будет посвящён ведению связанных с клиникой исследований.
Программа семинара:
- Вводный доклад: Тромбодинамика в рутинной клинической практике (Илья Спиридонов на 5-10 мин).
- Результаты уже существующих наблюдательных и интервенционных клин исследований. Проблемы тромбодинамики как метода, которые мешают жить в условиях клинической реальности (Екатерина Кольцова, 20 мин доклад).
- Результаты неопубликованных клин исследований (Татьяна Вуймо, 10 мин).
- Обсуждение.
- Анализ перспективных ниш применения тромбодинамики (Сергей Карамзин, 15 мин).
- Обсуждение.
- Насущные проблемы организации клин исследований (как наблюдательных, так и интервенционных) и возможные методы преодоления этих проблем (Татьяна Вуймо, 10 мин).
- Обсуждение.

Oct. 1, 2021

Октябрь 2021

с 29 сентября по 01 октября 2021 года прошла Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием Актуальные вопросы трансфузиологии, онкогематологии и клеточной терапии, на которой с устными докладами выступили сотрудники ЦТП ФХФ РАН.

4 октября 2021 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются следующие доклады:
15-00 Александра Якушева (аспирантский отчет)
16-00 Кирилл Бутов "Характеризация дефектов тромбопоэза у пациента с мутацией N206H в транскрипционном факторе GATA1"

18 октября 2021 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются следующие доклады:
15-00 Надежда Подоплелова "Both dual-activation and apoptosis stimulation of platelets result in the necrotic procoagulant phenotype"
16-00 Полина Соловьева "Взаимодействие фактора IXa с тромбоцитами"

25 октября 2021 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются доклады аспирантов:
15-00 Евгения Береснева "Динамика роста тромбов на ориентированных фибриллах: начальные этапы"
16-00 Георгий Васильев "Связь пространственной организации тромба и динамики фибринолиза"

Sept. 11, 2021

Ушел Симон Эльевич Шноль

photoС прискорбием сообщаем, что скончался ученый-биофизик, историк науки, профессор МГУ, действительный член Российской академии естественных наук, наш дорогой Учитель Симон Эльевич Шноль. Коллектив ЦТП ФХФ РАН выражает свои соболезнования родным и близким этого яркого ученого и изумительного человека.

Sept. 8, 2021

Ежегодный семинар ЦТП ФХФ РАН, посвященный итогам прошедшего сезона 2020/2021

20 сентября 2021 года в ЦТП ФХФ РАН (г.Москва, ул. Средняя Калитниковская, д.30) в 14-00 состоится ежегодный семинар института, посвященный итогам прошедшего сезона 2020/2021.
Расписание предстоящего семинара (время для вопросов предусмотрено в конце каждого доклада - 5 мин):

Время Выступающий Название
14:00-14:35Никита ГудимчукОтчет лаборатории биофизики цитоскелета за сезон 2020-2021
14:35-15:00Софья КузнецоваОтчет группы клеточных клеточных биочипов за сезон 2020-2021
15:00-15:25Надежда ПодоплеловаОтчет группы мембранно-зависимых реакций за сезон 2020-2021
15:25-15:40Сослан ШахиджановОтчет по исследованию свертывания крови при COVID-19
15:40-15:55Екатерина КольцоваОтчет лаборатории трансляционной медицины за сезон 2020-2021
15:55-16:15кофе-брейк
16:15-16:40Алексей МартьяновОтчет группы внутриклеточной сигнализации лаборатории внутриклеточной сигнализации и системной биологии за 2020-2021
16:40-17:05Фёдор БалабинОтчет группы биофизики клетки лаборатории внутриклеточной сигнализации и системной биологии за 2020-2021
17:05-17:30Александра ФильковаОтчет группы гемостаза лаборатории внутриклеточной сигнализации и системной биологии за 2020-2021
17:30-17:55Дмитрий НечипуренкоОтчет лаборатории биореологии и биомеханики за сезон 2020-2021
17:55-18:20Елена Ивановна СинауридзеОтчет группы фармакоцитов за сезон 2020-2021
18:20-19:00Михаил ПантелеевИтоги года

Sept. 1, 2021

Сентябрь 2021

6 cентября 2021 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. На повестке дня:
15-00 Обсуждение итогов конференции "Системная биология и системная физиология: регуляция сложных биологических систем"
16-00 Планирование ежегодного отчетного семинара ЦТП ФХФ РАН
17-00 лекция научного руководителя ЦТП ФХФ Фазли Атауллаханова "Соображения о единых принципах регуляции биологических систем: динамическая классификация"

9-11 cентября 2021 года пройдет Форум Антитромботической Терапии с международным участием (https://fact-bridge.ru), на котором с устными докладами выступят сотрудники ЦТП ФХФ РАН:
- Кольцова Е.М. «Современные представления о роли тромбодинамики в клинической практике и фундаментальной науке: анализ новейших публикаций мировой и отечественной литературы»
- Подоплелова Н.А. «Роль субпопуляций тромбоцитов в регуляции мембранно-зависимых реакций свертывания крови»
- Серёгина Е.А. «Лабораторные маркеры оценки риска тромботических осложнений»
Ознакомиться с программой форума можно по ссылке.

Aug. 2, 2021

Август 2021

25-27 августа 2021 года в ЦТП ФХФ РАН (г.Москва, ул. Средняя Калитниковская, д.30) прошла научная конференция «Системная биология и системная физиология: регуляция сложных биологических систем». В докладах были освещены передовые научные вопросы области, участники проявляли высокую активность в дискуссиях. С тезисами конференции можно ознакомиться в специальном выпуске международного Open Access журнала Systems Biology and Physiology Reports (Globustar Formaat, Tallinn) (https://sbpreports.com/conference/sbsp_2021/abstracts).

Доступна запись лекции Пантелеева М.А. "Математическое моделирование в гематологии: физиология крови, механизмы заболеваний, новые фармакологические мишени и подходы" в рамках Научно-популярного воркшопа “Актуальные проблемы математического моделирования в геофизике и биомедицине”, прошедшего на базах Московского физико-технического института (Национальный исследовательский университет) и Института вычислительной математики им. Г.И. Марчука Российской академии наук (https://www.inm.ras.ru/kaf-vtmgb/geobio-2021/).

July 30, 2021

Сердечно поздравляем Юрия Игоревича Мазничку

photo

Коллектив ЦТП ФХФ РАН поздравляет Юрия Игоревича Мазничку с 75-летием! От всей души желаем Вам крепкого здоровья, благополучия и успехов во всех направлениях Вашей деятельности.

July 7, 2021

25-27 августа 2021 года - II конференция «Системная биология и системная физиология: регуляция сложных биологических систем»



Уважаемые коллеги!

ФГБУН Центр теоретических проблем физико-химической фармакологии Российской академии наук приглашает вас принять участие в работе 2-й международной научной конференции «Системная биология и системная физиология: регуляция сложных биологических систем». В этом году наше мероприятие посвящается 75-му юбилею научного руководителя ЦТП ФХФ РАН, члена-корреспондента РАН д.б.н. профессора Ф.И. Атауллаханова.
С подробностями проведения мероприятия можно ознакомиться по ссылке. С вопросами можно обращаться к председателю оргкомитета Фильковой Александре Андреевне: filkova.alexandra@ctppcp.ru.

1 2 3 4 5 »