Центр теоретических проблем

физико-химической фармакологии,

Российской академии наук

ru

Новости и события:

May 16, 2022

Субботник в здании ЦТП 22.05.2022

В воскресенье 22.05.2022 в 10 часов утра в здании ЦТП (ул. Средняя Калитниковская 30) состоится майский субботник. По всем организационным вопросам можно писать Павлу Вячеславовичу (nstrk@mail.ru).

May 4, 2022

Май 2022

18 мая 2022 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются доклады дипломных работ студентов:
1. Анна Корнейчук
2. Анна Депутатова
3. Александра Колбасникова
4. Денис Рогатых
Регламент:
- 10 минут на доклад
- 10 минут вопросы и дискуссия

April 1, 2022

Апрель 2022

6 апреля 2022 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются следующие доклады:
15-00 Доклад Никиты Кушнира: "Разработка БТС для автоматизированного включенияЯ L-аспарагиназы в эритроциты человека"
16-00 Доклад Кирилла Бутова: "Патологии, вызванные мутацией в гене PSTPIP1"

13 апреля 2022 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируется выступление:
15-00 Доклад Екатерины Чепуриной, посвящённый теме кандидатской диссертации

20 апреля 2022 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются доклады аспирантов:
15-00 Доклад Юлии Коробкиной
16-00 Доклад Евгении Бересневой

March 1, 2022

Март 2022

2 марта 2022 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются следующие доклады:
15-00 Презентация кандидатской диссертации Алексея Мартьянова "Исследование механизмов регуляции активации тромбоцитов через рецепторы CLEC-2 и GPVI"
16-00 Доклад Михаила Анисимова: "Исследование нового ингибитора тубулина кумарина-30"

9 марта 2022 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются следующие доклады:
15-00 Доклад Александры Фильковой и Ивана Тесакова: "Молекулярные механизмы взаимодействия опухолевых клеток с компонентами системы гемостаза"

16 марта 2022 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются следующие доклады:
15-00 Доклад Кирилла Бутова: "Мутации в гене CORO1a"

30 марта 2022 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются следующие доклады:
15-00 Доклад Лены Артёменко: "Адгезивные свойства плазменных и тромбоцитарных микровезикул"

Feb. 4, 2022

Вниманию студентов и аспирантов: Как стать стипендиатом России!

С критериями для участия в конкурсах мер государственной поддержки студентов и аспирантов среди обучающихся можно ознакомиться на сайте стипендиатроссии.рф, а также в социальных сетях - ссылки доступны на самом сайте.

Ознакомиться с дополнительной информацией также можно в видеоролике "Стань стипендиатом России" .


Feb. 3, 2022

Поздравляем нашего сотрудника Свешникову А.Н. с получением Премии Правительства Москвы

photoКоллектив ЦТП ФХФ РАН поздравляет Анастасию Никитичну Свешникову с заслуженной наградой - Премией Правительства Москвы в области Биологии за работу «Молекулярные механизмы кальциевой регуляции функциональных ответов клетки». Желаем дальнейших успехов в научной работе!

Feb. 1, 2022

Февраль 2022

2 февраля 2022 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются следующие доклады:
15-00 Доклад Романа Керимова: "Динамика распространения тромбина в ex vivo модели тромбоза"

9 февраля 2022 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются следующие доклады:
15-00 Доклад Александры Фильковой: "орреляция параметров гемостаза с кровотечением во время операции. Исследование гемостаза пациентов после трансуретральной резекции на базе ГКБ Виноградова"
16-00 Доклад Алексея Мартьянова: "Нарушение функционирования тромбоцитов у пациентов с капошиформной гемангиоэндотелиомой"

16 февраля 2022 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются следующие доклады:
15-00 Доклад Галины Свидельской: "Исследование корреляции параметров тестов гемостаза и параметров кровотечения при порезе пальца"
16-00 Доклад Дмитрия Прудинника: "Изменение фильтруемости эритроцитов у пациентов с COVID-19 в динамике"

Jan. 10, 2022

Январь 2022

12 января 2022 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются следующие доклады:
15-00 Доклад Сергея Обыденного: "Электронная микроскопия как метод диагностики дисфункции тромбоцитов"
16-00 Доклад Татьяны Коваленко: "Анализ связывания фактора Ха с мембраной методом молекулярной динамики"

26 января 2022 года в 15-00 состоится научный семинар ЦТП ФХФ РАН. Планируются следующие доклады:
15-00 Доклад Анны Глуховой: "Рекомбинантные производные Аннексина-V для исследования тромбоза и апоптоза: характеризация мембранного связывания и фармакокинетики"

Jan. 3, 2022

C Новым 2022 годом!

Dec. 28, 2021

Основные научные результаты по проекту IN SILICO ИССЛЕДОВАНИЯ ТЕРАПИИ ОСТРОГО ИШЕМИЧЕСКОГО ИНСУЛЬТА (Этап I, соглашение № 075-15-2021-950 от 28 сентября 2021 г.)

Соглашение о предоставлении из федерального бюджета грантов в форме субсидий в соответствии с пунктом 4 статьи 78.1 Бюджетного кодекса Российской Федерации № 075-15-2021-950 от 28 сентября 2021г

Сроки выполнения проекта: 2021-2023

Получателем гранта:
В ходе выполнения работ I этапа проекта (2021 год) получены следующие результаты
1) Проведены патентные исследования по теме проекта;
2) Проведен аналитический обзор современной научно-технической, нормативной, методической литературы по тематике исследования;
3) Разработана in silico модель тромбоза, вызываемого фибриновым тромбом;
4) Разработана in silico модель тромболизиса фибринового тромба;
5) Разработана in silico модель тромболизиса тромба, состоящего из тромбоцитов;
6) Разработана in silico модель тромболизиса тромба, состоящего из фибрина и эритроцитов;
7) Разработана in silico модель тромболизиса тромба, состоящего из тромбоцитов и внеклеточной ДНК;
8) Разработана in silico модель тромболизиса, учитывающую архитектуру тромба, состоящего из регионов, богатых фибрином, тромбоцитами, эритроцитами и внеклеточной ДНК;
9) In silico модель тромболизиса, учитывающая архитектуру тромба, состоящего из регионов, богатых фибрином, тромбоцитами, эритроцитами и внеклеточной ДНК, валидирована на литературных данных. Составлен перечень соответствия результатов моделирования литературным данным, соответствие оценено по качественным критериям. Соответствие модельного описания процесса лизиса и литературных данных об этом процессе можно охарактеризовать как очень хорошее;
10) In silico модель тромболизиса, учитывающая архитектуру тромба, состоящего из регионов, богатых фибрином, тромбоцитами, эритроцитами и внеклеточной ДНК, валидирована на экспериментальных данных. Составлен перечень соответствия результатов моделирования экспериментальным данным, соответствие оценено по качественным критериям. Соответствие модельного описания процесса лизиса и литературных данных об этом процессе можно охарактеризовать как очень хорошее.

Иностранным партнером :

Университет Амстердама, Нидерланды
В ходе выполнения работ I этапа проекта был проведен анализ данных по пациентам с ишемическим инсультом, выявление основных критериев для включения в базу виртуальных пациентов.
Критерии включения пациентов в исследования тромболитических лекарств следующие: 1) Возраст старше 18 лет; 2) балл по модифицированной шкале Ранкина <2 до инсульта (отсутствие значимых нарушений жизнедеятельности, несмотря на имеющиеся симптомы; может выполнять все обычные задачи и сохранять активность); 3) 4-26 баллов по шкале инсульта национального института здоровья на момент попадания в исследование; 4) отсутствие формальных противопоказаний к проведению внутривенной терапии; и 5) адекватный объем гипоперфузируемых, но пригодных для спасения областей головного мозга, рассчитанный с помощью визуализации перфузии (несоответствие между нарушением перфузии и ядром ишемии больше, чем 1,2, абсолютная разница в объеме больше 10 мл и ишемическим ядром меньше 70 мл).
Также, в планы I этапа входила подготовка тромбов к фиксации и получение срезов. После проведения тромбэктомии сгустки фиксировались в формалине и затем помещались в парафин. Парафиновый блок очищался до полноценной визуализации тромба и затем делился на последовательные секции. Таким образом, была получена база образов тромбов для дальнейшего исследования.
Затем производилась гистологическая покраска срезов тромбов и получение микрофотографий. Для этого была разработана специальная процедура покраски. Большинство исследований было сфокусировано на присутствии эритроцитов, фибрина, тромбоцитов и лейкоцитов. Количественное определение состава тромба предпочтительно основывалось на процедурах окрашивания, обладающих хорошей специфичностью к компонентам тромба (фибрину, эритроцитам, тромбоцитам, лейкоцитам). Изображения окрашенных предметных стекол были получены с использованием световой микроскопии. Для выявления различий в содержимом каждого тромба секции анализировались каждые 150-200 мкм в более чем 20 тромбах. Таким образом были получены данные о распределении компонентов внутри тромба.

Университет Женевы, Швейцария
Группа из Швейцарии разработала метод компьютерной реконструкции трехмерного тромба различного состава (фибрин, тромбоциты, эритроциты) из послойных фотографий окрашенных секций тромбов пациентов, с шагом в 5 микрометров. Процедура реконструкции выглядит следующим образом.
Задний план удаляется путем кластерной комбинации цветов пикселей (sklearn Kmeans) и открытием зоны изображения (беглый просмотр морфологии). Каждый пиксель относится к кластеру, определяющему регион тромбоцитов или эритроцитов. Изображения обрезаются до идентичной высоты и ширины. Последовательно обрезанные изображения наконец выстраиваются с использованием преобразования твердого тела (pystackreg). Реконструированные 3D сгустки затем анализируются для определения размеров распределения регионов, богатых тромбоцитами и эритроцитами, для получения более детальной информации об их пространственном распределении. В конечном счете, эти реконструированные тромбы будут «подключены» к симулятору для проведения in silico лизиса сгустков с реалистичным составом. В результате работ были получены трехмерные структуры различных тромбов.

Разработана серия математических моделей, описывающих образование тромба и различные этапы его лизиса. На основе этих моделей создана детальная модель тромболизиса in silico, учитывающая архитектуру тромба, состоящего из регионов, богатых фибрином, тромбоцитами, эритроцитами и внеклеточной ДНК. С помощью этой модели показано, что антифибринолитические свойства внеклеточной ДНК могут быть связаны с тем, что она выполняет структурную функцию, схожую с функцией фибриновой сети, и удерживает от распада как клеточные элементы тромба, так и фибрин или высокомолекулярные продукты его деградации. Использование этой модели может быть полезным как при исследовании механизмов регуляции естественного фибринолиза, так и при оценке эффективности существующих протоколов тромболитической терапии и разработке новых подходов. Поставленные в первый год исполнения проекта задачи выполнены полностью. Полученные результаты моделирования будут включены в методику проведения in silico клинических испытаний подходов для терапии ишемического инсульта на популяции виртуальных пациентов с острым ишемическим инсультом.
При моделировании и валидации моделей были использованы данные ex vivo экспериментов иностранных партнеров. Данные о визуализации состава тромбов пациентов также будут использованы при валидации различных моделей на всех этапах работ по проекту. Также эти данные будут включены в базу данных для создания in silico популяции виртуальных пациентов на 3 этапе.
Для внедрения в широкое использование методики проведения in silico клинических испытаний серия моделей будет расширена на 2 этапе работ: будут разработаны модели, описывающие работу каскада металлопротеиназ; модели по деформируемости разных тромбов; модели тромболизиса в условиях потока жидкости (ньютоновской и неньютоновской); расширена база гистологических срезов тромбов. На 3 этапе будет проведена разработка и оптимизация полномасштабной математической модели, позволяющей проводить клинические испытания in silico на виртуальных пациентах с острым ишемическим инсультом.

1 2 3 »