Центр теоретических проблем

физико-химической фармакологии

Российской академии наук

en

Публикации группы:

2022

Alexandrova VV, Anisimov MN, Zaitsev AV, Mustyatsa VV, Popov VV, Ataullakhanov FI, Gudimchuk NB. Theory of tip structure-dependent microtubule catastrophes and damage-induced microtubule rescues Proc Natl Acad Sci U S A 2022; 119(46): e2208294119.

2021

Ulyanov EV, Vinogradov DS, McIntosh JR, Gudimchuk NB Brownian dynamics simulation of protofilament relaxation during rapid freezing PLOS ONE 2021; 16(2): e0247022.
Fedorov, V., Kholina, E., Kovalenko, I., Gudimchuk, N., Orekhov, P., & Zhmurov, A. Update on Performance Analysis of Different Computational Architectures: Molecular Dynamics in Application to Protein-Protein Interactions Supercomputing Frontiers And Innovations 2021; 7(4): 62-67.
Chen, J., Kholina, E., Szyk, A., Fedorov, V. A., Kovalenko, I., Gudimchuk, N., & Roll-Mecak, A. α-tubulin tail modifications regulate microtubule stability through selective effector recruitment, not changes in intrinsic polymer dynamics Developmental Cell 2021; 56(14): 2016-2028.e4..
Gudimchuk, N.B., McIntosh, J.R. Regulation of microtubule dynamics, mechanics and function through the growing tip Nature Reviews Molecular Cell biology 2021; epub ahead of p: epub ahead of print.
Vartanova, A.E., Plodukhin, A.Yu., Ratmanova, N.K., Andreev, I.A., Anisimov, M.N., Gudimchuk, N.B., Rybakov, V.B., Levina, I.I., Ivanova, O.A., Trushkov, I.V., Alabugin, I.V. Expanding Stereoelectronic Limits of endo-tet Cyclizations: Synthesis of Benz[b]azepines from Donor–Acceptor Cyclopropanes J. Am. Chem. Soc 2021; epub ahead of p: epub ahead of print.

2020

Устинов Н.Б., Коршунова А.В., Гудимчук Н.Б. Белковый комплекс NDC80: свойства, функции и возможная роль в патофизиологии клеточного деления Биохимия 2020; 85(4): 521–536.
Nikita B. Gudimchuk, Evgeni V. Ulyanov, Eileen O’Toole, Cynthia L. Page, Dmitrii S. Vinogradov, Garry Morgan, Gabriella Li, Jeffrey K. Moore, Ewa Szczesna, Antonina Roll-Mecak, Fazoil I. Ataullakhanov, and, J. Richard McIntosh Mechanisms of microtubule dynamics and force generation examined with computational modeling and electron cryotomography. Nature Communications 2020; 11(1): 3765.
М.Н.Анисимов, Н.Б.Гудимчук «Зоопарк» ингибиторов динамики микротрубочек Природа 2020; 8, 2020: 3-12.
Fedorov V.A., Kholina E.G., Kovalenko I.B.,  Gudimchuk N.B., Orekhov P.S., Zhmurov A.A. Update on performance analysis of different computational architectures: molecular dynamics in application to protein-protein interactions Supercomputing frontiers and innovations 2020; 4: 4.
Устинов Н.Б., Коршунова А.В., Гудимчук Н.Б Белковый комплекс NDC80: свойства, функции и возможная роль в патофизиологии клеточного деления Биохимия 2020; 85(4): 521–536.
Ustinov N. B., Korshunova A. V., and Gudimchuk N.B. Protein Complex NDC80: Properties, Functions, and Possible Role in Pathophysiology of Cell Division Biochem. (Mosc.). 2020; V.85, - № 4: 448–462.
Kovalenko I. B., Dreval V. D., Fedorov V. A., Kholina E. G., Gudimchuk N. B. Microtubule protofilament bending characterization Comput. Res. Model 2020; V. 12. №. 2: 435-443.

2019

Mustyatsa VV, Kostarev AV, Tvorogova AV, Ataullakhanov FI, Gudimchuk NB, Vorobjev IA. Fine structure and dynamics of EB3 binding zones on microtubules in fibroblast cells. Mol Biol Cell. 2019; 30(17): 2105-2114.
Gudimchuk N, Roll-Mecak A Watching microtubules grow one tubulin at a time Proc Natl Acad Sci U S A. 2019; 116(15): 7163-7165.
Orekhov PS, Kirillov IV, Fedorov VA, Kovalenko IB, Gudimchuk NB, Zhmurov AA Parametrization of the Elastic Network Model Using High-Throughput Parallel Molecular Dynamics Simulations Supercomput Front Innov 2019; 6: 19-21.
Коршунова А.В., Лопанская Ю.Н., Гудимчук Н.Б. Современные подходы к анализу взаимодействия белков и лигандов Биофизика 2019; 64(4): 629-645.
Fedorov VA, Orekhov PS, Kholina EG, Zhmurov AA, Ataullakhanov FI, Kovalenko IB, Gudimchuk NB Mechanical properties of tubulin intra- and inter-dimer interfaces and their implications for microtubule dynamic instability PLoS Comput Biol 2019; 15(8): e1007327.
Korshunova A. V., Lopanskaia I. N., Gudimchuk N. B. Modern approaches to analysis of protein–ligand interactions Biophysics 2019; V. 64. – №. 4.: 495-509.

2018

Gudimchuk N, Tarasovetc EV, Mustyatsa V, Drobyshev AL, Vitre B, Cleveland DW, Ataullakhanov FI, Grishchuk EL Probing Mitotic CENP-E Kinesin with the Tethered Cargo Motion Assay and Laser Tweezers. Biophysical journal 2018; 114(11): 2640-2652. Pubmed
McIntosh JR, O'Toole E, Morgan G, Austin J, Ulyanov E, Ataullakhanov F, Gudimchuk N Microtubules grow by the addition of bent guanosine triphosphate tubulin to the tips of curved protofilaments. The Journal of cell biology 2018; 217(8): 2691-2708. Pubmed

2017

Мустяца В.В., Бояхчян А.В., Атауллаханов Ф.И., Гудимчук Н.Б Белки семейства EB: функции и механизмы взаимодействия с микротрубочками Биохимия 2017; 82(7): 791-802.
Костарев А.В., Мустяца В.В., Творогова А.В., Атауллаханов Ф.И., Гудимчук Н.Б., Воробьев И.А. Исследование распределения концевых белков на микротрубочках. Актуальные вопросы биологической физики и химии 2017; 2 (1): 71-75.
Mustyatsa VV, Boyakhchyan AV, Ataullakhanov FI, Gudimchuk NB. EB-family proteins: Functions and microtubule interaction mechanisms. Biochemistry (Mosc) 2017; 82(7): 791-802. Pubmed

2016

Румянцев Ю.А., Захаров П.Н., Абрашитова Н.А., Шматок А.В., Рыжих В.О., Гудимчук Н.Б., Атауллаханов Ф.И. Применение ПЛИС для расчета деполимеризации микротрубочки методом броуновской динамики Сборники трудов ИСП РАН 2016; 28: 241–266.
Захаров П.Н., Аржаник В.К., Ульянов Е.В., Гудимчук Н.Б., Атауллаханов Ф.И. Микротрубочка - динамически нестабильный биополимер со спонтанными переключениями между фазовыми состояниями. Успехи Физических Наук 2016; 186: 853–868.
Румянцев Ю.А., Захаров П.Н., Абрашитова Н.А., Шматок А.В., Рыжих В.О., Гудимчук Н.Б., Атауллаханов Ф.И. Применение ПЛИС для расчета деполимеризации микротрубочки методом броуновской динамики. Труды Института системного программирования РАН 2016; 28 (3): 241-266.
Захаров П.Н., Аржаник В.К., Ульянов Е.В., Гудимчук Н.Б., Атауллаханов Ф.И. Микротрубочка – динамически нестабильный биополимер со спонтанными переключениями между фазовыми состояниями. Успехи физических наук 2016; 186: 853–868.

2015

Zakharov P, Gudimchuk N, Voevodin V, Tikhonravov A, Ataullakhanov FI, Grishchuk EL Molecular and Mechanical Causes of Microtubule Catastrophe and Aging. Biophysical journal 2015; 109(12): 2574-2591. Pubmed

2014

Vitre B, Gudimchuk N, Borda R, Kim Y, Heuser JE, Cleveland DW, Grishchuk EL Kinetochore-microtubule attachment throughout mitosis potentiated by the elongated stalk of the kinetochore kinesin CENP-E. Molecular biology of the cell 2014; 25(15): 2272-81. Pubmed

2013

Volkov VA, Zaytsev AV, Gudimchuk N, Grissom PM, Gintsburg AL, Ataullakhanov FI, McIntosh JR, Grishchuk EL. Long tethers provide high-force coupling of the Dam1 ring to shortening microtubules. Proceedings of the National Academy of Sciences 2013; 110(19): 7708-13. Pubmed
Gudimchuk N, Vitre B, Kim Y, Kiyatkin A, Cleveland DW, Ataullakhanov FI, Grishchuk EL Kinetochore kinesin CENP-E is a processive bi-directional tracker of dynamic microtubule tips Nature cell biology 2013; 15(9): 1079-1088. Pubmed